A tak roku 1451 vydal papež Mikuláš V. dekret na výstavbu nového chrámu sv. Petra. Stavba současné baziliky začala v roce 1505 a trvala do roku 1629. Projekt vypracoval Donato Bramante (projekt tehdy třicetiletého Michelangela Buonarroti nebyl přijat). Kostel měl mít tvar řeckého kříže, velkou ústřední kupoli a čtyři postranní kupole nad kaplemi.
Stavba zpočátku pokračovala velmi rychle. Pracovalo zde 2000 dělníků a 5 podřízených Bramantových architektů. Velké problémy ale přišly po smrti papeže Julia v roce 1513. Nový papež, Lev X., financoval stavbu jen z prodávání odpustků, což vyvolalo revoluční hnutí pod vedením Martina Luthera.
Roku 1514 Bramant umírá a stavbou projde mnoho architektů a mnoho nových nápadů.
Raffael Santi s Antoniem da Sangallem ml. v té době nad hrobem sv. Petra vybudovali menší budovu podobnou chrámu. Vlastní stavba ale nepostupovala, protože se zvažovala změna dispozice na podélný půdorys tvaru latinského kříže.
V roce 1547 pověřil Pavel III. stavbou Michelangelo, kterému v té době byla 72 let. Michelangelo se opět vrátil k Bramanteho koncepci, kterou ale pozměnil. Bazilika bude mít pouze jedinou majestátní kopuli. Stále se počítalo s půdorysem ve tvaru řeckého kříže. Michelangelo vystavěl apsidu a střed kříže, zesílil původní zdi. Za jeho života byla bazilika dostavěna až k tamburu a vznikl model kopule.
Dále stavbu vedl Giacomo della Porta. Neřídil se úplně Michelangelovými plány, ale započal stavbu kopule, která byla dokončena Domenicem Fontanou.
Do tvaru latinského kříže dostavil baziliku Carlo Maderno, který zvítězil roku 1602 v soutěži na dostavbu. Protáhl střední loď, čímž částečně zastínil kopuli. Dokončil průčelí, fasádu a atrium baziliky ve stylu raného baroka.
Roku 1629 se stal hlavním stavitelem Gian Lorenzo Bernini. Postaral se o bohaté zařízení chrámu, především o monumentální baldachýn nad hrobem sv. Petra. Naproti tomu rozšířil náměstí sv. Petra, oddálil křídla od sebe a upravil přístup k bazilice, aby tak zvýraznil průčelí chrámu, což mu dodává onu monumentálnost. Sama kolonáda se skládá z toskánských sloupů, které jsou vždy čtyři u sebe. Kolonáda byla dokončena v roce 1666.
18. listopadu 1629 byl nový chrám sv. Petra vysvěcen papežem Urbanem VIII.
Bazilika je 211,5 metrů dlouhá, 114,7 m široká a vejde se do ní 60 000 lidí. V chrámu je 44 oltářů, 8 malých kopulí a 800 sloupů z mramoru nebo bronzu. Kopule baziliky má průměr 42 metrů a vnitřní výšku 123,4 metru.
Foto © Depositphotos.com/Jan Wąchała